Като селище Меричлери съществува от 1373 г. и първоначално се е наричало Гяур Меричлери.
Има няколко версии за произхода на името. В някои исторически източници е посочено, че то има арабско-турски произход и в превод означава горчиво питие, което отговаря на вкусовите качества на минералната вода, която извира южно от селището.
Според други източници името произхожда от турската дума мерич, т. е. Марица (свързано с р. Марица, която минава през близкия град Димитровград), а жителите му били наричани маричани (живеещи близо до Марица). В защита на тази версия местни хора, родени и израсли в Меричлери, изтъкват факта, че всички околни населени места са имали „говорещи“ турски имена, които през годините са били преведени буквално на български, например Караатли днес се нарича Черноконево (буквален превод от турски език), аналогично с. Великан някога е носело името на Балабан Али (Балабанли) и бива прекръстено след 1949 г. на Великан (тъй като балабан на турски значи именно това), Златна Ливада е било Алтън чеир и т.н., единствено Меричлери остава с турското си наименование.
Според исторически извори, в региона на днешния град Меричлери преди н. е. имало тракийско, а по-късно и римско селище. Като доказателства се посочват останките от шест тракийски надгробни могили, както и намерени монети от времето на Филип Македонски и Александър Велики. Открити са различни тракийски съдове, сечива и обредни предмети, както и бронзова статуетка на бога Зевс от ІII век преди н.е. Някои историци предполагат, че наблизо до гр. Меричлери е бил римският град Пазар Пизос, основан от император Септимий Север Партенак. В града все още могат да се видят останки от римски мост, украсен с лъвски глави, до който е имало римско селище. Според легендите, Васил Левски е идвал два пъти в Меричлери и е основал таен революционен комитет.
В миналото единствен поминък на населението са били земеделието и животновъдството. Землището на града се простира на около 40 000 дка земя, която се обработва и днес.
Тъй като Меричлери попада в т. нар. лигнитен басейн Марица-запад, където са открити големи залежи на лигнитни въглища, използвани за гориво в ТЕЦ, около града са функционирали няколко мини за добив на въглища, обединени в Държавно минно предприятие „Марица-изток“. Мините осигуряват поминък на по-голямата част от населението на Меричлери и околните населени места до закриването им през 2001 г. В резултат на последвалия дефицит на работни места една част от населението на града се изселва и броят на жтилети му намалява драстично. Когато през 1983 г. с. Меричлери е обявено за град, жителите му наброяват 6000 души, в момента е около 2000 човека.